В сентябре по обоим бортам носовой части лодки у скул от 8 до 15 шпангоута установили дополнительные брызгоотражатели шириной 200 мм. Испытания показали некоторую эффективность этой меры. Но для радикального решения -вопроса требовалось увеличить расстояние между водной поверхностью и винтами. Решить проблему можно было только перестановкой двигателей на Р верхнюю часть крыла. Но это проделали уже на втором опытном самолете.

Испытательные полеты прототипа показали, что аэрогидродинамическая компоновка Бе-12, его устойчивость и управляемость отвечают необходимым требованиям. Это ярко подтвердилось в одном из полетов с вынужденной посадкой на воду. Летчик-испытатель Петр Петрович Бобро - человек большого роста и недюжинной силы, добродушный и покладистый, летавший во время войны на "Бостонах", любил повторять один каламбур с философским оттенком: "Очень хорошо - не всегда очень хорошо". Но и он порой забывал главную мысль, заложенную в собственном афоризме. Однажды при испытании на дальность по маршруту Таганрог-Керчь-Таганрог (высота- 100м, командир-Бобро, второй летчик- представитель НИИ ВВС), уже при очередном подлете к Таганрогу один двигатель заглох - прекратилась подача топлива. Бобро немедленно запросил разрешение на посадку. Получив "добро", он тут же выключил и зафлюги-ровал второй АИ-20, затем спланировал и благополучно посадил машину. Бобро очень хотелось добиться от опытного самолета при испытаниях на дальность максимального результата", поэтому он, поддавшись соблазну, пренебрег указанием производить посадку непременно с наличием минимально необходимого остатка горючего.

Главного конструктора в тот период постоянно волновало наличие в днище лодки опытного Бе-12 люка диаметром около метра, предназначенного для антенны РЛС и позволявшего обеспечить: ей круговой обзор.