К середине 1959 г., преодолев множество трудностей, согласовав массу технических и организационных вопросов с соразработчиками, ОКБ МС выдало чертежи для опытного производства на самый большой в то время в мире турбовинтовой самолет-амфибию. Опытную машину помогал строить авиазавод №86 (директор С.М.Головин, главный инженер А.Б.Катькалов), который взял на себя изготовление корпуса лодки. Все остальные работы выполнялись опытным производством, которое возглавлял главный инженер К.И.Панин и начальник производства Н.К.Гавранек. Увязку работ между двумя производствами и ОКБ проводил ведущий конструктор В.Н.Бо-роденко, который оставался на этой должности на протяжении всего периода серийного строительства Бе-12.

Творческий подход к работе над новой машиной стимулировал использование новых технологических процессов. Осваивалось литье по выплавляемым моделям, внедрялась плазменная резка титановых сплавов. Впервые широко применили сварку деталей из коррозионно-стойкого сплава АМг-бТ, что дало экономию массы на каждом таком изделии до 8,8%. Замена изготавливаемых из литья и поковок крупногабаритных деталей лодки (фонаря, рам люков, редана и др.) на сварные дала значительную экономию веса и повысила коррозионную стойкость конструкции. Освоение ультразвуковой пайки позволило впервые на морской машине широко применить алюминиевые провода большого сечения. При строительстве Бе-12 впервые в СССР для гидросамолетов было применено членение лодки на технологические отсеки, что способствовало более рациональному использрванию производственных площадей на серийном заводе и ускорению темпа работ.